沼气池在运行中，应视不同的原料（人畜禽粪便、秸秆）定期、不定期的进行混合搅拌，理论上称做持续动态发酵。经常搅拌沼气池的发酵原料，能使原料与沼气细菌充分接触，促进沼气细菌的新陈代谢，使其迅速生成繁殖，提高产气效率；可以打破池内上层结壳，使中下层所产生的附着在发酵原料上的沼气，由小气泡累积成大气泡，并上升到气箱内；可以减少发酵死角，使养料分布均匀促进沼气细菌生活环境不断更新，有利于它们获得新的养料。

适当的搅拌方法和强度，增强微生物与原料的接触，使之获得营养物质机会增加，活性增强，生产繁殖旺盛，从而提高产气量。经常搅拌后，可使产气量提高35%～50%以上。    

如不经常搅拌发酵原料，还会在沼气池底部逐步形成结块固化结层，缩小沼池容积并造成抽吸出料的困难。

沼气工程的混合搅拌就是将厌氧消化罐内料液混合均匀，消除厌氧消化罐内物料系统中温度和浓度的差异。在沼气发酵过程中使用混合搅拌装置能起到以下作用：

1.沼气池使用搅拌器可以产生均匀的组成，使新旧物料混合均匀，使微生物与原料充分接触，促进生化反应进行。

2.沼气发酵搅拌器可以使固体物质在料液中分散、悬浮，增加与微生物的接触面积，促进这些物质的消化，同时防止沉积和结壳。

3.沼气池用搅拌器可使罐内液体流动，从而可以减薄或消除已形成的结壳层，便于沼气溢出。

4.使用搅拌器可以消除罐内浓度、温度不均匀现象，是生化反应正常进行。

5.改变物料中物象的关系。